FireWire800（800Mbps）の規格で接続してたMac miniに接続しているHDD、徐々にeSATAに切り替えてます。
（何年前の話だ？というツッコミが入りそうですが）
eSATAってケーブル抜けやすいし、シールド厳重でケーブルの扱いにくさもあって避けてたんですが、Thunderbolt to eSATA の機器を安価に入手できるようになったんで、3Gbpsと桁違いの速さの規格に手を出してみた次第。
USB3.0（USB3.1 Gen.1）でも良くないか？と思われるかもしれませんが、私の使っているHDDケースはLaCieのもので、接続がUSB2.0+FireWire400+FireWire800+eSATA というものなのでUSB3.0は抜き。
ちなみに、Mac mini Late 2012とUSB3.0は2.4GHz帯のBluetoothやWi-Fiに毒電波なのもあってできるだけ使わないようにしてます。バスパワーのUSB3.0ハブなんて最悪な事態になります。
閑話休題。一番よく使う、データ用とiTunesの音楽ファイルが入っているHDDは、前者が内蔵してSATA、後者がThunderboltなので高速だから大して影響ないんですが、Time Machineがちょっとでも高速になればうれしいし、深夜のHDD間のスケジュールBackupもとっとと終わるしいいかなと。
eSATAってレガシー規格なのかと思いますが、高速なんでまぁ助かってます。